המועצה הציבורית המייעצת של מפעל הפיס נוסדה בשנת 1998 כחלק ממהלך להגברת השקיפות והבקרה הציבורית על פעילות ותפקידה העיקרי מאז ועד היום הוא לשמש כגוף מייעץ בלתי תלוי המורכב מאנשי ציבור בכירים.
יו"ר המועצה הראשון היה נשיא ביהמ"ש העליון לשעבר השופט מאיר שמגר ז"ל.
מאז 2001 עומד בראשה שר האצר ושר המשפטים לשעבר עו"ד משה ניסים וחבריה הם אנשי ציבור המתמנים ע"י דירקטוריון החברה.
בסמכות המועצה המייעצת לייעץ לדירקטוריון וליו"ר הדירקטוריון בתחומים של אתיקה ציבורית, נושאים בעלי עניין ואופי ציבורי, מדיניות ארוכת טווח לייעוד כספי מפעל הפיס, כניסה לתחומי פעולה חדשים ונוספים ועוד.
תפקידי המועצה כוללים:
- ייעוץ בנושאי אתיקה ציבורית - המועצה מסייעת בקביעת סטנדרטים אתיים לפעילות הארגון
- תכנון אסטרטגי - המועצה מעורבת בגיבוש מדיניות ארוכת טווח לשימוש בכספי מפעל הפיס
- פיתוח תחומי פעילות - המועצה מייעצת לגבי כניסה לתחומי פעילות חדשים
- קביעת קריטריונים - המועצה הייתה מעורבת ביצירת "מורה הדרך", המסמך המגדיר את אופן חלוקת כספי מפעל הפיס לטובת הציבור